Exjobbsförslag från företag

Detta är ett uppsatsförslag hämtat från Nationella Exjobb-poolen. Klicka här för att komma tillbaka till samtliga exjobbsförslag.

Förslaget inkom 2011-05-23

Ultrafiltrering och molekylär detektion av patogena mikroorganismer i vatten

OBS! ANSÖKNINGSTIDEN FÖR DETTA EXJOBB HAR LÖPT UT.
Normalt letar man inte efter patogena mikroorganismer i vatten då dessa förekommer i så små mängder utan istället efter sk indikatororganismer som påvisar en fekal förorening. Man vet dock att närvaron av indikatororganismer och patogener inte alltid överensstämmer och vi håller därför på att sätta upp metoder för att detektera små mängder av olika typer av patogener i olika typer av vatten. Detta görs genom ultrafiltrering där alla partiklar över ca 30 kDa i storlek koncentreras. Initialt detekterar vi bakterier med traditionell odling på selektiva medier och parasiter genom immunofluorescensmikroskopi. I framtiden vill vi även kunna använda molekylära tekniker för detektion. Detta har flera fördelar t ex kan man leta mer förutsättningslöst och man kan också detektera s k VBNC (viable but not culturable) organismer och skulle vara ett bra komplement till odling. För detta behöver man kunna rena DNA från koncentratet på ett sådant sätt att man kan vara säker på att alla celler i provet lyserar, vilket kan vara svårt för resistenta strukturer som bakteriella endosporer och cystor av parasiter. Ett annat problem är att ultrafiltrering koncentrerar alla substanser större än ca 15 kDa, dvs det mesta som finns i vattnet utom kolhydrater, salt och liknande små molekyler. Det är väl känt att vatten innehåller många substanser som inhiberar PCR, t ex olika humusämnen, och som måste tas bort eller inaktiveras genom tillsatser till PCR-reaktionen.
I detta projekt skulle vi arbeta med oocystor av parasiten Cryptosporidium parvum och bakterierna campylobacter och EHEC (VTEC) som modellorganismer. För de två senare finns realtids PCR-protokoll för identifiering av respektive organism efter isolering från livsmedel att basera analyserna på. För Cryptosporidium kommer en nestad PCR (två-stegs PCR)från publicerade artiklar att användas.

Bl a kommer du att arbeta med:
- Ultrafilterering av dricks- och ytvatten följt av isolering av DNA från pelletten med olika kommersiella kit, eventuellt kompletterade med extra reningssteg. Detta blandas med renat DNA av känd mängd från de olika organismerna och olika tillsatser som t ex BSA används för att få PCR-reaktionerna att fungera.
- Koncentrering av vattenprover spikade med kända mängder av de tre mikroorganismerna, DNA-rening enligt vald metod och


  GÅ TILL XJOBB.NU FÖR FULLSTÄNDIG INFO OM DETTA EXJOBB




Informationen om uppsatsförslag är hämtad från Nationella Exjobb-poolen.