Exjobbsförslag från företag

Detta är ett uppsatsförslag hämtat från Nationella Exjobb-poolen. Klicka här för att komma tillbaka till samtliga exjobbsförslag.

Förslaget inkom 2008-05-30

Utveckling av en robust point matching-algoritm för att leta efter biomarkörer

OBS! ANSÖKNINGSTIDEN FÖR DETTA EXJOBB HAR LÖPT UT.
Bakgrund
Vi är en grupp forskare och doktorander vid Analytisk kemi på Stockholms Universitet som arbetar med algoritmutveckling för att finna biomarkörer för olika sjukdoms- och toxicitetstillstånd. De analysdata vi arbetar med kommer bland annat från plasmaprover och är mycket komplexa. Våra prover analyseras framförallt med vätskekromatografi kopplat till en masspektrometer (LC/MS). Det kromatografiska systemet separerar ämnen i tiden beroende på deras fysikalisk-kemiska egenskaper. Ämnena joniseras i masspektrometern som mäter deras massa/laddnings-förhållande och antal. LC/MS-instrumenten kan generera flera GB-data per prov. Vårt mål är att ta fram snabba och robusta algoritmer för att finna all information i datan; helt enkelt att transformera rådatan till fullständiga listor över detekterade molekyler. De experimentella analysmetoderna är inte helt stabila, till exempel kan retentionstiderna för en och samma substans skilja mellan prover. Skillnaderna är delvis slumpmässiga och delvis systematiska. Det mönster som datan uppvisar lokalt är i stort sett detsamma för alla prover. För en van kemist är det inga problem att matcha ihop mönstret från ett litet utsnitt av datan och för några få prover. Detta har gjorts manuellt i alla tider sedan kromatografins barndom. Problem uppstår däremot vid den typ av data vi arbetar med då vi har tusentals signaler per prov och hundratals prover vars mönster ska matchas ihop. Vi har behov att automatisera denna process och vill därför utveckla och anpassa en robust point matching-algoritm för den typ av data vi har.

Examensarbetet
Examensarbetet går ut på att:
- implementera en robust point matching-algoritm i Matlab,
- anpassa algoritmen för att ta tillvara den domänkunskap som finns
inom kromatografi och masspektrometri.
- utvekla algoritmen till att matcha multipla prover simultant.

Kvalifikationer
Kemi-, fysik- eller civilingenjörsstuderande med intresse för matematik och goda kunskaper i Matlab-programmering.


  GÅ TILL XJOBB.NU FÖR FULLSTÄNDIG INFO OM DETTA EXJOBB




Informationen om uppsatsförslag är hämtad från Nationella Exjobb-poolen.