Exjobbsförslag från företag

Detta är ett uppsatsförslag hämtat från Nationella Exjobb-poolen. Klicka här för att komma tillbaka till samtliga exjobbsförslag.

Förslaget inkom 2007-10-08

Analys av global genreglering

OBS! ANSÖKNINGSTIDEN FÖR DETTA EXJOBB HAR LÖPT UT.
Vi studerar globala aspekter av genreglering genom att kombinera globala experimentella studier med bioinformatiska analyser. Det långsiktiga målet för detta lab är att förbättra vår förståelse av differentiering och etablering av stamceller i tidiga embryonala utvecklingen i möss.

Genombrott i sekvenseringsmetoder gör det nu möjligt att sekvensera RNA populationer från en vävnader eller utvecklingsstadier. Solexa har utvecklat teknik som gör det möjligt att sekvensera över 20 miljoner korta sekvenser från ett och samma RNA prov, en analys som går på cirka en vecka och bara kostar cirka 20 tusen SEK (i regenskostnader).

Vad kan vi lära oss från 20 miljoner korta RNA sekvenser?
Vi kan med bättre precision mäta genuttryck (jmf med microarrays eller SAGE) men vi kan även undersöka vilka gen-varianter (dvs vilken isoform av genen) som är uttryckta i olika vävnader och celler. Vi kan till exempel finna exoner som bara inkluderas i mRNAn i speciella vävnader (dvs alternativ splicing, vilket ger upphov till olika proteinprodukter i olika vävnader) eller användande av olika promotorer och polyadenylerings positioner i olika vävnader. För första gången kan vi bättre uppskatta hur vanligt dessa typer av genreglerings är! Detta är ett mycket hett och spännande område (finns inga artiklar publicerade ännu, men många på gång) där det finns möjlighet att finna nya generella aspekter av genreglering som i dagsläget är okända.

Om du är intresserad av att analysera global genreglering i form av ett examensarbete, kontakta mig på email (rickard.sandberg@ki.se).

  GÅ TILL XJOBB.NU FÖR FULLSTÄNDIG INFO OM DETTA EXJOBB




Informationen om uppsatsförslag är hämtad från Nationella Exjobb-poolen.