Exjobbsförslag från företag

Detta är ett uppsatsförslag hämtat från Nationella Exjobb-poolen. Klicka här för att komma tillbaka till samtliga exjobbsförslag.

Förslaget inkom 2006-08-18

Programmering av biotekniskt analysinstrument

OBS! ANSÖKNINGSTIDEN FÖR DETTA EXJOBB HAR LÖPT UT.
AB BIODISK är ett svenskt diagnostiskt företag som fokuserar på utveckling och tillverkning av patenterade och innovativa produkter för bestämning av mikroorganismers resistens mot olika antimikrobiella substanser. Våra kunder består av sjukhus- och privatlaboratorier samt läkemedelsindustrin som vi utför analys- och utvecklingsuppdrag åt. Huvudprodukten heter Etest® och är en världsunik metod för bestämning av ”MIC” värdet d.v.s. den minsta mängd antibiotikum som hämmar tillväxten av en mikroorganism. Etest introducerades globalt 1992 och används nu i över 100 länder.
Se även www.abbiodisk.com

Vid svåra infektioner behandlar man ofta patienter med mer än ett antibiotikum för att få bästa effekt. Vi har nu tagit fram en produkt, kallad Xact för att kunna mäta samspelseffekter mellan två olika antibiotika. Xact består av en kvadrant (5x5 cm) immobiliserad med två antibiotika vinkelrät mot varandra. Detta leder till att vi får en kvadrat med ett stort antal unika koncentrations förhållanden mellan antibiotika A respektive B. Denna kvadrant läggs på en agar platta där man spridit ut bakterier. Agar plattan placeras i inkubator vid 37°C och bakterierna växer fram. Efter ca 20 timmar kan man läsa av ett mönster, en hämnings zon, som vi med hjälp av en utarbetad matematisk modell tolkar för att se om man har synergi, antagonism eller inget samspel alls mellan de två antibiotika testade. Idag använder vi oss av en manuell metod där vi placerar en avläsningsmall som vi kallar Grid på baksidan av agarplattan. Denna består av ett rutnät samt en skala med FICI värden. Dessa FICI (Fractional Inhibitory Concentration Index) är ett mått på om man har synergi eller någon annan slags samspel mellan de två antibiotika. FICI ger även ett kvantitativt värde på hur mycket synergi man har vilket kan vara viktigt att veta. Genom att flytta FICI skalan utefter hämnings zonen får vi reda på vilka förhållanden av antibiotika A i kombination med antibiotika B som ger synergi. Vi plottar därefter FICI värdet som funktion av förhållandet koncentration antibiotika A/koncentration antibiotika B.

Vi vill nu ta fram en mjukvara som underlättar denna tolknings process. Vi vill först läsa in en digital färgbild av bakterieodlingen på agarplattan. Vi ska därefter manuellt kunna placera avläsningsmallen (grid) på rätt ställe i bilden. Det rätta stället har markerats med hörnmarkeringar på agarplattan. Vi vill därefter manuellt positionera x- och y- linjerna där bakteriens hämnings zon skär Xact kvadrantens kanter (ger ett värde som kallas IC) samt placera FICI skalan på rätt ställe. Därefter vill vi kunna markera punkter längs med kanten på hämnings zonen och få FICI värdet för respektive punkt.

Resultaten som vi får fram vill vi åskådliggöra både grafiskt och i tabellform.


De grafer vi vill ha är;

a) FICI värdet plottat mot förhållandet koncentration antibiotika a/koncentration antibiotika b.

b) En tredimensionell plot med FICI värdet på en axel och koncentration antibiotka A och antibiotika B på de andra två axlarna.





  GÅ TILL XJOBB.NU FÖR FULLSTÄNDIG INFO OM DETTA EXJOBB




Informationen om uppsatsförslag är hämtad från Nationella Exjobb-poolen.