Matematisk och biokemisk modellering av carcinogena ämnens dynamik i cellen (interaktion med membran, protein och DNA)

Vi är en grupp på Institutet för Miljömedicin (IMM), Karolinska Institutet som studerar miljörelevanta cancerframkallande ämnen med fokus på polycykliska aromatiska kolväten (PAH). Vi vill bestämma vad som avgör ett ämnes cancerframkallande egenskaper med avseende på metabolism, fördelning, cellulär dynamik och reaktivitet gentemot DNA.
Den ena delen av forskningsprojekt avser att studera PAHer med olika lipofilicitet och reaktivitet i ett liposombaserat modellsystem. Med modellen kommer du att bestämma kinetiken för upptag, hydrolys, enzymatisk omsättning och DNA bindning för olika carcinogena/mutagena metaboliter av PAH.

Den andra delen av projektet involverar datasimuleringar i MATLAB/FEMLAB av samma händelseförlopp. Du kommer tillsammans med en doktorand att använda och utveckla en 2D och 3D modell av en förenklad cell. Modellen kommer att baseras på från litteraturen kända samt dina egna kinetiska parametrar. Modellen simulerar hur lipofila ämnen sprids inuti en cell, från det yttre cellmembranet in till cellkärnan och DNA samt hur skillnader i lipofilicitet, reaktivitet, enzymatisk avgiftning mm påverkar den intracellulära ¿dynamiken¿ av ämnet.

Om du har erfarenhet av MATLAB/FEMLAB, och vill kombinera simulering med praktisk och laborativ erfarenhet så är detta projektet för dig.