“Deisotoping” — ett steg för att finna biomarkörer i data från LC/MS-analys av biologiskt material

Detta examensarbete går ut på att implementera en “deisotoping”-algoritm som en del i ett större programpaket för differentiell analys av LC/MS data. Programpaketet utvecklas som en del i ett forskingsprojekt på Institutionen för analytisk kemi på Stockholms universitet och används av vår samarbetspartner Metabonomicsgruppen inom Safety Assessment, Molecular Toxicology på AstraZeneca i Gärtuna. Programmeringsspråket är Matlab.

”Deisotoping” går ut på att koppla samman informationen mellan isotoptopparna i LC/MS-datan och generera masspektra där bara den monoisotopiska toppen från varje ämne finns kvar. Detta vill vi göra för att förenkla den fortsatta analysen genom att reducera mängden redundanta variabler och brus. Informationen tillhörande isotoperna lagras i en databas och länkar till den monoisotopiska toppen.

Som ett ytterligare led i datareduktionen vill vi på samma sätt koppla samman monoisotopiska toppar med och kända adduktjoner och lagra dem i en adduktdatabas. Reduktionen och den nya datarepresentationen får till följd att vi säkrare kan finna korrespondens mellan prover — ett icke-trivialt problem som är av största vikt vid differentiell analys i jakten på biomarkörer.

Vi söker en kemist, biokemist, biofysiker, fysiker eller liknande med intresse för programmering och kunskaper i matlab. Om du vill arbeta med en forsknings grupp i absoluta frontlinjen när det gäller differentiell analys av metabonomics data så är detta examensarbete något för dig.